1918 წლის ივნისის ბოლოს მთავრობის თავმჯდომარე ნოე ჟორდანია გახდა. ეს ფაქტი კვინიტაძეს მეტად უცნაურად და საეჭვოდ ეჩვენებოდა. ამ პერიოდშივე სოციალ-დემოკრატიულ პარტიასთან უთანხმოების გამო, გიორგი კვინიტაძე დაკავებული თანამდებობებიდან საკუთარი ნებით გადადგა.

1918 წელს ამიერკავკასიის რესპუბლიკის სამხედრო მინისტრის – გრიგოლ გიორგაძის ბრძანებით, იგი საქართველოს რესპუბლიკის ჯარების მთავარსარდლად და სამხედრო მინისტრის თანაშემწედ დაინიშნა. იმ პერიოდში რეგულარული ქართული არმია საერთოდ არ არსებობდა. კვინიტაძის ამოცანას ამ ქაოსიდან რეგულარული ქართული სამხედრო ნაწილების ჩამოყალიბება წარმოადგენდა.

კვინიტაძე ღებულობდა მონაწილეობას 1918-1921 წლების ყველა საბრძოლო მოქმედებაში და დიდი წვლილი შეჰქონდა ქართული ჯარის გამარჯვებაში. ის ყველა ამ ბრძოლის დროს იკავებდა გარკვეულ დიდ თანამდებობას და მოვლენების განმუხტვის შემდეგ გადაყენებული იყო თანამდებობიდან.

1918 წლის 6 ივნისს გაზეთ „სახალხო საქმეში“გამოქვეყნდა გიორგი კვინიტაძის ბრძანება. იგი ყველა სამხედრო პირს სთხოვდა დახმარებოდნენ სახელმწიფოს, კერძოდ ფინანსთა სამინისტროს და გაეცათ თავიანთი ორდენები ოქროს ფონდის შესაქმნელად. თავად კი წერდა “დღეს მე გადავეცი ყველა ორდენი, რაც კი იაპონიასა და თანამედროვე ომის დროს მივიღე: დავიტოვე მხოლოდ წმინდა გიორგის მეოთხე ხარისხის ორდენი.ორდენების ცაბარება შეიძლება სამხედრო სამინისტროში...“

1918 წლს ის ჩართული იყო დამოუკიდებლობის აქტის შედგენასა და ბათუმის კონფერენციის მსვლელობაში, რადგან ამ დღეებში ამიერკავკასიის სახელმწიფო, კერძოდ, საქართველოს ნაწილი ოსმალეთთან გართულებული სამხედრო კონფლიქტის რეჟიმში იყო, იდგა ოსმალეთის მხრიდან საქართველოს სრული ოკუპაციის საფრთხე. (ნაწილობრივ ის ოკუპირებული იყო, რადგან ოსმალებს ეკავათ ბათუმი და ბათუმის ოლქი, ყარსისა და არტაანის ტერიტორია). დამოუკიდებლობის გამოცხადების წინ მას გაუგზავნეს წერილები და მიმართვები ქართული დელეგაციის წევრებმა, მათ შორის ნოე რამიშვილმა და აკაკი ჩხენკელმა.

10 ივნისს საქართველოს რესპუბლიკის ჯარების უფროსის გენერალ მაიორ გიორგი კვინიტაძის ბრძანებით: „ა) საქართველოს მთავრობის ყველა ჯარებში უნდა აღდგენილ იქნეს სამხედრო მისალმება, როგორც სამსახურის დროს, ისე სამსახურის გარეშე. ამის გარდა პირველად უფროსი მოვალეა ხარისხითა და წოდებით უფროსს მიესალმოს. ბ) იგივე წესი დაცულ უნდა იქნეს უცხო სახელმწიფოთა სამხედრო პირთა წინაშე, რომლებიც საქართველოს რესპუბლიკის მიწა-წყალზე იქნებიან და სამხედრო ფორმას ატარებენ. გ)სამხედრო მისალმების ნიშნად მარჯვენა ხელი ქუდამდის უნდა მიიტანონ“.

ცნობილმა სამხედრო მოღვაწეებმა, გენერლებმა გიორგი კვინიტაძემ და ვასილ გაბაშვილმა „ქართული ჯარის რეორგანიზაციის პროექტი“ შეიმუშავეს, რომელიც რეგულარული არმიის დაკომპლექტების ტერიტორიულ პრინციპს ითვალისწინებდა. ჯარის ფორმირების ამგვარი პრინციპი, გარდა იმისა, რომ არმიასა და მოსახლეობას შორის კავშირს უზრუნველყოფდა, მობილიზაციის დროსა და ხარჯებსაც მნიშვნელოვნად შეამცირებდა, მაგრამ იგი პრაქტიკაში სრულად არ განხორციელებულა.

1918 წლის დეკემებერში სომხეთმა საქართველოსგან ჯავახეთისა და ბორჩალოს მაზრების გადაცემა მოითხოვა. მთავრობას კვინიტაძის სამსახური დასჭირდა. სომხეთმა უკვე თბილისის დაცლაც მოითხოვა. საქართველოში მობილიზაცია გამოცხადდა. ქართული ჯარის მეთაურობა გენერალ გიორგი მაზნიაშვილს დაევალა. მაზნიაშვილის შტაბის უფროსობა კი ჟორდანიას მთავრობამ კვინიტაძეს სთხოვა. გენერალი სოციალ-დემოკრატების თხოვნას უსიტყვოდ დათანხმდა. მაზნიაშვილისა და კვინიტაძის სწორად დაგეგმილი სამხედრო ოპერაციის წყალობით 31 დეკემბერს სომხეთ-საქართველოს ომი საქართველოს გამარჯვებით დასრულდა.

1919 წლის იანვარში სამხედრო მინისტრის გრიგოლ გიორგაძის თხოვნით გიორგი კვინიტაძემ საქართველო–სომხეთის ომის ისტორიის შედგენა დაიწყო, მაგრამ თებერვლის შუა რიცხვებში მთავრობის თავმჯდომარის ნოე ჟორდანიას პირადი თხოვნით გაემგზავრა ახალციხის ფრონტზე.

1919 წლის თებერვალში სამხრეთ საქართველოში ისლამურმა აჯანყებამ იფეთქა. ვითარება საგანგაშო გახდა. მთავრობამ საშველად კვლავ გიორგი კვინიტაძეს უხმო. იგი საქართველოს მთავარსარდლის პოსტზე აღადგინეს და აჯანყების ჩაქრობა დაავალეს. 25 თებერვალს გამოქვეყნდა გენერალ გიორგი კვინიტაძის მიმართვის ვრცელი ტექსტი, რომლითაც ის ახალციხის მაზრის მცხოვრებ მუსლიმანებს მიმართავდა. გენერალი მათ სთხოვდა ხელში არ აეღოთ იარაღი, რათა სისხლი არ დაღვრილიყო. გენერალი მათ მშვიდობიან თანაცხოვრებას ჰპირდებოდა.

კვინიტაძე ბორჯომში თებერვლის ბოლოს ჩავიდა. მარტის განმავლობაში მან დეზორგანიზებული ქართული ჯარის დალაგება შეძლო და შემდეგ ბეგების წინააღმდეგ გაილაშქრა. კვინიტაძის მიერ განხორციელებული სამხედრო ოპერაცია იმდენად წარმატებული აღმოჩნდა, რომ საქართველომ დაიბრუნა არამარტო სამცხე-ჯავახათი, არამედ კონტროლი დააწესა საქართველოს ძირძველ კუთხეზე – ტაო-კლარჯეთზე.

23 მარტს სამხედრო მინისტრის ბრძანებით რესპუბლიკის დაცვის საქმეში შეტანილი წვლილისთვის მადლობა გამოუცხადეს გენერალ გიორგი კვინიტაძეს, გენერალ ართმელიძესა და გენერალ ფურცელაძეს.

1919 წლის 20 აპრილს გენერალ გიორგი კვინიტაძის მეთაურობით მოქმედმა ქართულმა ჯარმა ახალციხე-ახალქალაქის განთავისუფლების შემდეგ არტაანი დაიკავა.

წარმატებული ოპერაციის შემდეგ კვინიტაძემ კვლავ დააყენა არმიის რეორგანიზაციის საკითხი. მისი პროექტი გვარდიის გაუქმებას და მის ჯართან შეერთებას ითვალისწინებდა. მაგრამ, სოციალ-დემოკრატების მთავრობამ და მისმა მომხრე სამხედროებმა, ამაზე უარი განაცხადეს. ამის გამო, 1919 წლის მაისში კვინიტაძე მთავარსარდლის თანამდებობიდან კვლავ გადადგა.

1919 წელს პირადად სამხედრო მინისტრის გრიგოლ ლორთქიფანიძის თხოვნით, გიორგი კვინიტაძემ პირველი ქართული სამხედრო სასწავლებლის ჩამოყალიბება დაიწყო. მან მთელი თავისი გამოცდილება და ცოდნა მოახმარა იუნკერთა სასწავლებლის შექმნას.

1920 წლის აპრილში გენერლის ინიციატივითა და მისივე პროექტით შეიქმნა სახელმწიფო თავდაცვის საბჭო, რომელსაც რესპუბლიკის სამხედრო რესურსები უნდა მოემზადებინა მოსალოდნელი ომისათვის.

1920 წლის მაისში მე-11 არმია წითელ ხიდზე გადმოვიდა და დაიწყო რუსეთ–საქართველოს 1920 წლის ომი. ნოე ჟორდანია „ჩემი წარსულის“ ფურცლებზე იგონებს: „ როცა რუსები თავს გადვესხენ, მთავარსარდლად დავნიშნე გენერალი კვინიტაძე, აქტიური, სწრაფი, მოქმედი, მხოლოდ ჯიუტი და მიუკარებელი“. მან სასტიკად დაამარცხა რუსები, გადარეკა ისინი წითელ ხიდს იქით, დაითანხმა მთავრობა შეტევის გაგრძელებაზე. 18 მაისს თავდაცვის მინისტრი და მთავარსარდალი კვინიტაძე შტაბით ადგილზე იყვნენ. შეტევა 19 მაისს იყო დაგეგმილი, მაგრამ მეორე დღესვე მოვიდა ბრძანება – შეეჩერებინათ სამხედრო მოქმედებები, რითაც ხელიდან იქნა გაშვებული მტრის დამარცხებისა და ამიერკავაკასიის ბოლშევიკთაგან გაწმენდის ხელსაყრელი მომენტი.

ფრანგი ავტორი რემონ დიუგე 1920 წლის 2 მაისს იუნკერთა სკოლაზე ბოლშევიკების თავდასხმის შესახებ: „საქართველოშიც მოინდომეს ბოლშევიკებმა ბოლშევიკურის მეთოდით სახელმწიფო გადატრიალების მოწყობა. 3 მაისი რომ თენდებოდა, ღამით, 1 საათზე, 50 შეიარაღებული კაცი სამხედრო სკოლის შენობაში შეიჭრა უკანა შესასვლელით. ბოლშევიკებმა ყველაფერი წინასწარ გათვალეს, მაგრამ გენერალი გამორჩათ. ეგონათ, იგი სამხედრო სასწავლებელში აღარ იმყოფებოდა. როცა თავდასხმა მოხდა, გენერალი სწორედ მაშინ დაბრუნდა სკოლაში. ტელეფონის გადაჭრა ბოლშევიკებს დავიწყებოდათ. კვინიტაძემ ამით ისარგებლა. სასწრაფოდ მოთხოვა შტაბს ორი ტყვიამფრქვევი და დახმარება. შემდეგ სამმა გაბედულმა მხედარმა ფანჯრიდან იარაღი და ტყვიები გადასცეს კურსანტ ოფიცრებს. მათ სინათლე გამორთეს და სკამებითა და იარაღით დაერივნენ. მომხდურთა ბანდა გაიქცა. სამი ბოლშევიკი ტყვედ ჩავარდა. ..“ დამფუძნებელმა კრებამ მაისის დასაწყისის ერთ-ერთ სხდომზე მადლობა გამოუცხადა გენერალ გიორგი კვინიტაძეს და მის იუნკრებს გამოჩენილი მამაცობისათვის.

1920 წლის 7 ივლისს ინგლისელებმა დატოვეს ბათუმი და იქ ქართული ჯარი შევიდა. მთავარსარდალი კვინიტაძეც ამაყად მიდიოდა ცხენით ბათუმის ქუჩაში. მოულოდნელად მან 15 წლის უნახავი ქალი, თავისი მეგობრების შვილი დაინახა, ჩამოქვეითდა და გამოელაპარაკა. მთავარსარდლის ამ მოულოდნელმა საქციელმა იგი კიდევ უფრო პოპულარული გახადა.

1920 წლის ივნისში მოხდა ოსების აჯანყება. მათ დაამარცხეს მთავრობის მცირე რაზმი და ცხინვალი დაიკავეს. გიორგი კვინიტაძის აქტიური საომარი მოქმედებით ქართველებმა იოლად აიღეს ცხინვალი და 21 ივნისს როკის უღელტეხილი დაიკავეს. 1920 წლის ივლისში ინგლისმა თავისი ჯარები გაიყვანა ბათუმის ოლქიდან. 7 ივლისს გიორგი კვინიტაძის სარდლობით ქართული ნაწილები შევიდნენ ბათუმის ოლქში.

1920 წელს ლაგოდეხში აჯანყდნენ ბოლშევიკების მიერ გაბრიყვებული ჯარის ნაწილები. გიორგი კვინიტაძის მიერ ეს ბუნტი უსისხლოდ იქნა ჩახშობილი.

12 სექტემბერს გაზეთ „საქართველოს რესპუბლიკაში“ გამოქვეყნდა საქართველოს მთავარსარდლის გენერალ გიორგი კვინიტაძის სამადლობელი მიმართვა სამხედრო დანაყოფების მიმართ, იმ სამსახურისათვის რომელიც მათ გასწიეს საქართველოს დამოუკიდებლობის მოპოვებისა და შენარჩუნებისათვის.

1920 წლის შემოდგომაზე გიორგი კვინიტაძე გადადგა მთავარსარდლისა და სამხედრო სკოლის უფროსის თანამდებობიდან, თუმცა დარჩა სკოლაში ტაქტიკის და სამხედრო ისტორიის მასწავლებლად. მადლიერმა იუნკრებმა მას გამოსათხოვარ საღამოზე ოქროთო მოვარაყებული ხანჯალი აჩუქეს, რითაც შემდეგში მუდამ ამაყობდა.

1921 წლის იანვარში საქართველოს რესპუბლიკის თავდაცვით ფონდში, მიუხედავად მატერიალური გაჭირვებისა, გიორგი კვინიტაძემ და მისმა მეუღლემ ‒ მარიამ მაყაშვილმა შეიტანეს 4 ვერცხლის კოვზი და 3 გერმანული ვერცხლის მარკა.

1921 წლის 16 თებერვალს ნოე ჟორდანიამ მთავარსარდლობიდან გადააყენა გენერალი ოდიშელიძე და მის ნაცვლად გიორგი კვინიტაძე დანიშნა. ამის შესახებ ვალერიან თევზაძე წერს: „მისმა მთავარსარდლად დანიშვნამ მთელი ქართული საზოგადოების აღფრთოვანება გამოიწვია, რადგან უდიდესი პოპულარობით სარგებლობდა საქართველოში. მას ხომ მანამდე გადახდილი არცერთი ომი არ წაეგოდა ყველა ბრძოლიდან გამარჯვებული გამოდიოდა“.

17 თებერვალს გენერალი კვინიტაძე შეუდგა თბილისის თავდაცვის სექტორების მოწყობას და ჯარის მომზადებას თბილისის დასაცავად. ფრონტზე გაიწვიეს იუნკერთა და ნაცვალთა სასწავლებლის კურსანტები, რომლებიც ტაბახმელას პოზიციებზე განლაგდნენ.

24 თებერვალს დილიდან რუსებმა შეტევები დაიწყეს თბილისის ასაღებად. მოწინააღმდეგეს იერიში მოჰქონდა მთელ ფრონტზე, თუმცა განსაკუთრებული მნიშვნელობა მოწინააღმდეგემ მიანიჭა თბილისის თავდაცვის მარცხენა სექტორს. დღის ბოლოსათვის გენერალმა კვინიტაძემ მიიღო გადაწყვეტილება თბილისის დატოვების შესახებ. მთავარსარდალმა ეს გადაწყვეტილება მიიღო ალყაში მოქცევის საფრთხის შედეგად, რაც მისი აზრით გარდაუვალი იყო, რადგანაც მას არ ჰყავდა რეზერვები ფრონტზე არსებული სიცარიელეების შესავსებად.

კოჯორ-ტაბახმელას ბრძოლის დროს ხალხში შექმნილი ლექსი: „კოჯრის თავზე დაფლეთილი თეთრი დროშა ფრიალებდა, კვინიტაძის ზარბაზნები ისროდა და გრიალებდა“.

1 მარტს გენერალ კვინიტაძის ბრძანებით ქართული ნაწილები განლაგდნენ ხაშურის აღმოსავლეთით. მთავარსარდლის ბრძანება შემდეგი სიტყვებით სრულდებოდა: „სამშობლოს გადარჩენისათვის მოვითხოვ ყველა უფროსებისაგან ძალების სრულ დაჭიმვას და უსაზღვრო სამსახურს, რათა რაც კი არ დაგვიჯდეს მოპირდაპირის დამარცხებას მივაღწიოთნ".

3 მარტს გენერალმა კვინიტაძემ ხაშურის აღმოსავლეთით მდგომი ქართული ნაწილები გადააჯგუფა და გასცა ბრძანება მეორე დილის 7 საათზე შეტევაზე გადასვლისა. 4 მარტს გაიმართა დიდი ბრძოლა ხაშურის აღმოსავლეთით (ოსიაურის ბრძოლა). მთავარსარდალი კვინიტაძე ფიქრობდა, რომ გადავიდოდა შეტევაზე, მეთერთმეტე არმიის ავანგარდს ალყაში მოაქცევდა და გაანადგურებდა, რაც გააიოლებდა მტრის საბოლოო დამარცხებას. შეტევა წარმატებით დაიწყო, მაგრამ გვარდიელებმა ვერ მოასწრეს მოწინააღმდეგის მარჯვენა ფრთის გარსშემოვლა, თუმცა კვინიტაძე ვარაუდობდა, რომ მეორე დილით მოწინააღდეგე უკვე ალყაში აღმოჩნდებოდა.

5 მარტს შუაღამისას გვარდიის შენაერთებმა ხაშურის აღმოსავლეთით თვითნებურად მიატოვეს საკუთარი პოზიციები და უკან დაიხიეს, რამაც გამოიწვია იმის საფრთხე, რომ ქართული შენაერთები თვითონ მოქცეულიყვნენ ალყაში, ამიტომ კვინიტაძემ უკანდახევის ბრძანება გასცა.

1921 წლის 17 მარტს ბათუმში საქართველოს დამფუძნებელი კრების უკანასკნელ სხდომაზე გადაწყდა, რომ მთავრობა ქვეყანას ტოვებს და პოლიტიკურ ემიგრაციაში მიემგზავრება.

კვინიტაძენ ვერ შეძლო მცხეთასთან მტრის შეჩერება. სამწუხაროდ, ეროვნული გვარდია დაიშალა და ჯარისკაცები სახლებში წავიდნენ. ამ ამბავმა მთავარსარდალი ლამის გააგიჟა. მისი თანაშემწის, პოლკოვნიკ ვალერიან თევზაძის მოგონებებში ვკითხულობთ: მთავარსარდალი მეტად ღელავდა. _ „აბა, თევზაძევ, თავის მოკვლაღა დამრჩენია, არა?“ _ მომმართა მან სევდიანი ხმით. შევწუხდი ძალიან, , ვგრძნობდი, რა აზრები უტრიალებდა ამ დროს თავში სარდალს. ის ხომ 3 წლის განმავლობაში უძლეველად მართავდა საქართველოს თავდაცვის საქმეს. ზედიზედ მოეგო სამი ომი სამ მეზობელთან: სომხებთან, თურქებთან და ბოლშევიკებთან, ახლა კი დამარცხება ელის!“

გენერალ ჰეკერს, ბოლშევიკთა სარდალს უთქვამს:თუ ვინმეს ეკუთვნის ჯილდო უკან დახევისათვის, ეს კვინიტაძეს უნდა მიეცეს, ისე ოსტატურად დამისხლტა ხელიდანო.