1 963 წლის 5 იანვარს, გურიის ერთ პატარა სოფელში, რომელსაც ლიხაურს ეძახიან, აზნაურთა ოჯახში ექვთიმე თაყაიშვილი დაიბადა. ექვთიმეს მამა — სიმონ თაყაიშვილი კორდონის ოფიცერი იყო, დედა კი, ნინო ნაკაშიძე, მაზრის მოწინავე ქალთა შორის ყოფილა მოხსენიებული. და-ძმა თაყაიშვილები — ექვთიმე, ლისა, ნიკო და ვარლამი ადრე დაობლდნენ. ბავშვობის მოგონებიდან ერთი, ექვთიმეს ცხოვრებაში საბედისწერო აღმოჩნდა: სამი წლის ხიდან გადმოვარდნილა და მარჯვენა ფეხი მოუტეხია. იმის გამო, რომ ტრავმას ყურადღება არავინ მიაქცია, ცუდად შეხორცებული ფეხი საგრძნობლად დაუმოკლდა და სამუდამოდ დაკოჭლდა. როგორც ამბობენ, ნათესავებს კოჭლობის გამო ექვთიმეს სტუმრად გამოჩენა ეთაკილებოდათ.
7 წლის ექვთიმე ოზურგეთის სამაზრო სასწავლებელში შეიყვანეს. მისი მეურვე იმედებს ამყარებდა, რომ სამაზრო სასწავლებლის დამთავრების შემდეგ, ექვთიმე სოფლის მწერლობას მიჰყოფდა ხელს, რადგან იმ დროს ეს შემოსავლიან საქმედ ითვლებოდა. თუმცა ექვთიმეს გულში სულ სხვა რამ ედო და თავისი გაიტანა კიდეც — ჩაირიცხა ქუთაისის კლასიკურ გიმნაზიაში და 1883 წელს სწავლა ვერცხლის მედლით დაასრულა. ამავე წელს, ექვთიმე პეტერბურგის უნივერსიტეტში ისტორიულ-ფილოლოგიურ ფაკულტეტზე ჩაირიცხა, რომელიც 1887 წელს მეცნიერებათა კანდიდატის ხარისხით დაამთავრა და თბილისისკენ გამოეშურა.

თ ბილისში ექვთიმე პედაგოგიურ, მეცნიერულ და საზოგადოებრივ ციებ-ცხელებაში ჩაერთო. 1887-1894 წლებში მასწავლებლობდა თბილისის სათავადაზნაურო სკოლასა და კლასიკურ გიმნაზიაში, სადაც ბერძნულ და ლათინურ ენებსა და ისტორია-გეოგრაფიას ასწავლიდა. 1894-1904 წლებში იგი უკვე თავად მართავდა სათავადზნაურო გიმნაზიას. 1888 წელს წერა-კითხვის გამავრცელებელმა საზოგადოებამ ექვთიმე გამგეობის წევრად დანიშნა. პარალელურად იგი შეუდგა საქმეს, რომელსაც ყველა ქართველის მოვალეობად მიიჩნევდა: საქართველოს ისტორიულ-არქეოლოგიური მასალების შეკრებასა და აღდგენას. 1889 წელს, დიმიტრი ბაქრაძესთან ერთად ექვთიმემ დაარსა “საქართველოს საეგზარქოსო მუზეუმი”, რომელიც აერთიანებდა ძველ საეკლესიო წიგნებს, ხელნაწერებს და სხვადასხვა ნივთებს. ექვთიმე და დიმიტრი ხშირად მოგზაურობდნენ საქართველოს სხვადასხვა კუთხეში, ეძებდნენ და კრებდნენ ძველ ქართულ ხელნაწერებს, შემდეგ კი მუზეუმში აბინავებდნენ. მოგვიანებით, დიმიტრი ბაქრაძის გარდაცვალების შემდეგ, 1907 წელს, ექვთიმემ “საქართველოს საისტორიო და საეთნოგრაფიო საზოგადოება” დაარსა, რომლითაც, ფაქტობრივად, გააგრძელა ის საქმიანობა რასაც “საქართველოს საეგზარქოსო მუზეუმი” აკეთებდა.

1 895 წელს ექვთიმემ შექმნა ოჯახი ნინო პოლტორაცკაიასთან, თბილისელი იურისტის, ივანე პოლტორაცკის ქალიშვილთან. ნინოს მუსიკალური განათლება პარიზში ჰქონდა მიღებული, ფლობდა ფრანგულ და რუსულ ენებს და ექვთიმეზე 13 წლით უმცროსი იყო. მიუხედავად ექვთიმეს ნიჭისა, პოლტორაცკები იწუნებდნენ ყმაწვილს, რადგან ის უსახლკარო და კოჭლი იყო. ილია ჭავჭავაძის შუამდგომლობით, ექვთიმე და ნინო მაინც დაოჯახდნენ და სიცოცხლის ბოლომდე გაგიჟებით ჰყვარობდნენ ერთმანეთს. არ უნდა დავივიწყოთ თბილისის უნივერსიტეტის დაარსება და ექვთიმე თაყაიშვილის ღვაწლი ამ დიდებულ საქმეში. ის “ქართული უნივერსიტეტის საზოგადოების” კომისიის წევრი იყო და უნივერსიტეტის გახსნის შემდეგ სამ სალექციო კურსს უძღვებოდა, მათ შორის არქეოლოგიას. 1921 წელს, რუსეთის ანექსიის შემდეგ, ქართველი ერის საუნჯის გადარჩენისთვის, შეიქმნა საჭიროება საქართველოს სამუზეუმო ქონება საზღვრებს გარეთ გატანილიყო. ფუძემდებელმა კრებამ ეს უაღრესად საპასუხისმგებლო საქმე ექვთიმე თაყაიშვილს მიანდო. მეცნიერისთვის სამშობლოდან წასვლა მტკივნეული იყო, მაგრამ სამშობლოს საქმეს ასე სჭირდებოდა და 1921 წლის 11 მარტს ექვთიმემ საქართველო დატოვა.
ბევრნი ლამობდნენ ეროვნული საგანძურის მითვისებას, ფაშისტები, საფრანგეთის მთავრობა, სალომე დადიანი, ბრიტანეთისა და ნიუ-იორკის მუზეუმები,

1 953 წლის 21 თებერვალს ექვთიმე თაყაიშვილი გულის დამბლით გარდაიცვალა. უკანასკნელ გზაზე მცირერიცხოვანმა პროცესიამ გააცილა. 1987 წელს ლევილიდან ნათაყვანები მეუღლე — ნინო პოლტორაცკაია ექვთიმეს გვერდით მიუსვენეს.

2002 წლის 17 ოქტომბერს წმინდა სინოდის გადაწყვეტილებით, ექვთიმე თაყაიშვილი წმინდანთა დასს შეუერთდა და ეწოდა მას ექვთიმე ღვთისკაცი.