1903 წელს მან მოსკოვში ცნობილი ვაჭრის შვილი, იულია უტკინა გაიცნო, იქორწინა და მასთან ერთად დაბრუნდა საქართველოში. მათ მალევე შეეძინათ შვილი - ირაკლი, რომელიც მომავალში ზაქარიას ყველაზე დიდ სიხარულად და ტკივილად იქცა. სამშობლოში დაბრუნებულმა ზაქარიამ აქტიური შემოქმედებითი და საგანმანათლებლო მოღვაწეობა დაიწყო. იგი პედაგოგად მიიწვიეს თბილისის მუსიკალურ სასწავლებელში, ხოლო გუნდის ხელმძღვანელად სათავადაზნაურო გიმნაზიაში. მისი აქტიური მონაწილეობით დაფუძნდა ,,ქართული ფილარმონიული საზოგადოება“. ზაქარია ასევე მიიწვიეს „ქართულ ენაზე ოპერების გამმართველ საზოგადოებაში“, სადაც თავად დირიჟორობდა ქართულად თარგმნილ ევროპულ ოპერებს. 1910 წელს მან ყველაზე ცნობილ ქართულ ოპერა - „აბესალომ და ეთერზე“ დაიწყო მუშაობა, რომელიც პეტრე მირიანაშვილის ლიბრეტოს მიხედვით შეადგინა. ოპერის ნაწყვეტები პირველად 1913 წელს შესრულდა და იმთავითვე გამოიწვია ქართული საზოგადოების დიდი ინტერესი. „აბესალომ და ეთერმა“ მრავალი ქარტეხილი გამოიარა, მათ შორის ზაქარიას სანუკვარი შვილის, ირაკლის სიკვდილი. ირას გარდაცვალების შემდეგ კომპოზიტორმა სრულიად აიღო ხელი მუსიკის შექმნაზე, თუმცა ერთ დღეს მას ირაკლი ესიზმრა, რომელმაც მამას უმორჩილესად სთხოვა ოპერაზე მუშაობის გაგრძელება. ტრაგიზმით მოცულმა მამამ არ დააყოვნა და შვილის თხოვნა აასრულა. 1919 წლის 21 თებერვალს, ავტორისავე დირიჟორობით შედგა ოპერის პრემიერა, რომელიც თითქმის 6 საათს გაგრძელდა. დადგმამ დაუჯერებელი ტრიუმფი მოიტანა. „აბესალომ და ეთერი“ ქართულ სცენაზე შესრულებული რიგით მესამე ოპერა იყო რევაზ გოგნიაშვილის „ქრისტინესა“ და დიმიტრი არაყიშვილის - „თქმულება შოთა რუსთაველზე“-ს შემდეგ, თუმცა სრულყოფილებითა და გამორჩეული მუსიკალური ენით სწორედ „აბესალომ და ეთერი“ იწყებს ეროვნული კლასიკური ოპერის ისტორიას.